Вступление Губка Боб Квадратные Штаны — Месть Летучего Голландца гласит, о очередном дне героя, который вышел на прогулку со своей домашней улиткой Гэри. Ни что не предвещало беду, пока Гэри не почувствовал кусочек бурой водоросли и оторвался от своего хозяина и дополз до таинственного сундука. Открыв сундук, Губка Боб разбудил великого пирата, который когда-либо жил, — Зловещего Летучего Голландца из бутылки, который наслаждался спокойным сном в своем сосуде. Пират потребовал найти его десять величайших сокровищ, которые находятся где-то в Бикини Боттом, включая уйму золотых дублонов, и тогда он сможет исполнить любое одно желание Губки Боба. Губка Боб умеет совершать прыжок, пользоваться палочкой для создания мыльных пузырей, надуваться, парирую в воздухе, прятаться в расщелинах (с формой квадрата) и ползать. Особенностью этой игры на Геймбой Адванс, стало наличие нескольких видов мыльных пузырьков, которые находятся в найденных бутылочках: Обычные (работают против противников), Мощные (для разрушения преград), Упругий (создают платформу, от которой можно отталкиваться), Всплывающие (поднимаются ввысь, после прыжка на них). Некоторые предметы, которые будут помещены в инвентарь, могут повысить характеристики героя, например, сапоги, которые позволяют бегать губке. Среди проходящих уровней, герой будет участвовать в мини-играх: Повтори движения — необходимо нажать вовремя появившийся кнопку, чтобы Губка Боб произвел движение; Медузные гонки — избегайте мелких, разноцветных медуз и различных подводных преград, собирая золотые дублоны.
